ＺＡＣ2109第二次中央間大陸での戦争が終焉した。
人々はつかの間の平和を取り戻していた・・・

アル「とーちゃーん！」

ゲンマ「おお！アルかどうしたんだ？」

アル「かあちゃんが、とーちゃんに弁当もって行けって！」

ゲンマ「そうか、ありがとうよ。」

このアルという少年こそこのＺＯＩＤＳストーリーの主人公である。

アル「ねーとーちゃーん！今日こそゾイドに乗せてよ！」

ゲンマ「はっはっは、またかアル。だがまだまだ早いぞもう少し大きくなってからだ。」

アル「そんな子といったって乗りたいもんはのりたいんだ！」

そんな平和なやり取りが行われている中、急に警報の音が町中に鳴り響いた。

アル「わ！なんだなんだ？！」

ゲンマ「アル！家にすぐに帰るんだ、危ないから外にでるんじゃないぞ！」

アルはゲンマに言われたとおりすぐに家に帰ると母親を探した。
しかし家の中には誰もいない、次第に町の中で爆発音が鳴り響きそれに混じりゾイドの泣き声と人々の叫び声が聞こえる。

「野良ゾイドだ！」
「うわぁぁぁぁぁ！」
「何であんなのがいるんだ！」
「たすけてくれぇぇぇぇ！」

アルは怖くて外にでることが出来なかった、どれ位の時間がたっただろうか壊れかけた扉が開いて声が聞こえる。

ミーナ「アル！アルーーー！！」

アル「かーちゃん！」

ミーナ「アル！無事だったんだね！」

アル「うん！ねぇ、とーちゃんは？」

ミーナ「・・・お父さんは、お父さんはねお仕事で遠くに行ったんだよ。」

ゲンマは愛機キングライガーに乗り村を襲ってきた野良ゾイド「コマンドウルフ」の群れを追っていた。

ゲンマ「機動力ではこちらに勝算がある、今度こそ逃がさんぞ！」

機動力で押していたゲンマのキングライガーも敵の数に押されていた。
その時コマンドウルフの大部隊が急に真ん中に道を作るかのように左右に分かれた、その先に一体のゾイドの影が現れた。

ゲンマ「な！何だこいつは！？うわぁぁぁぁぁぁ！アルーーーーーーー！」

ドゴォォォン！

ゲンマとキングライガーは戦いに敗れた・・・

それから数年後世界は再び戦火の中にいた。

アル「かあさん、今日の売り上げここにおいて置くね。」

ミーナ「ありがとう、アル。」

アル「そうだ、またへリック共和国で新型ゾイドの搭乗者を募集してるんだって。」

ミーナ「あら？貴方には関係ないでしょう？」

アル「そんな、俺だって！」

ミーナ「だめよ、あんたまでいなくなったら母さんどうしたらいいの？」

アル「ごめん、かあさん。それにしてもオヤジ・・・あれから全然帰ってこないよな？」

ミーナ「そ、そうね・・・遠くで頑張っているのよきっと。」

ミーナの脳裏に当時の映像が映し出されていた。
「ゲンマのキングライガーが見つかったぞ！」
「ゲンマは、ゲンマは無事なんですか！？」
「わからん・・・ライガーだけがその場に残されていた、それとこの手紙が・・・」
「ゲンマ、ゲンマ、ゲンマ～～～～～～～～！！」

アル「かあさん、母さんってば！」

ミーナ「あら、ごめんなさい。そういえば今日は貴方の誕生日よね、母さん思いっきり豪華な食事用意してあるから！」

アル「まじで！？俺腹ペコペコなんだよ～！！」

アルとミーナは二人でアルの誕生日を祝った。

ミーナ「アル、貴方に渡す物があるわ。」

アル「なになに？誕生日プレゼントでもくれるの？」

ミーナ「これよ。」

ミーナはタンスから手紙を取り出しあるに渡した。

アル「これは？」

ミーナ「いいからあけなさい。」

アルはミーナに言われたとおり手紙を封筒から取り出し読み始めた。

アルへ

お前がこの手紙を読んでいるということは俺はお前の近くにはいないだろう。
長い間留守にしてしまって申し訳ないと思っている、お前が乗りたがっていたゾイドにも
一度も乗せてやることが出来なかったな。もしかして既にゾイド乗りになっているかもな。
今日はお前の１５歳の誕生日だ父さんからお前に渡したい物がある、直接お前に渡せないのが
残念で仕方がない。だが、お前なら絶対に喜んでくれるだろう、この世に二つとない代物だ。
母さんに反対されていたが俺にはお前にこんなことしかしてやることが出来ないからな。
大きな世界を見て来い、世界は広い世界に学んで来い。
それと母さんにはすまないと謝っておいてくれ。

ゲンマ

封筒にはもう一つゾイドの起動キーが入っていた。

アル「かあさん・・・これは・・・」

ミーナ「お父さんからの・・・・最後の・・・プレゼントよ。」

アル「最後の・・・」

ミーナ「今まで黙っていてごめんなさい、お父さんは・・・・あの日・・・」

アル「そんな・・・」

ミーナ「お父さんのライガーだけが発見されてね、父さんはその後行方不明になってしまったの。」

アル「なーんだ。」

ミーナ「え？」

アル「行方不明ってことは、どこかで生きてるんだろ？だったら俺、旅に出て父さんを探してくるよ！でもって一発ぶん殴ってやるんだ！『かーさんを泣かせんじゃねぇ！』ってね！」

ミーナ「アル・・・」

アル「俺、行くよ！世界中を旅して父さんも探していつか必ず帰ってくる！」

ミーナ「うん、うん、いってきなさいアル、これは母さんからの誕生日プレゼントだよ。」

ミーナはアルにホバーカーゴのキーを渡した。

アル「何で母さんがこんなの持ってんだよ！」

ミーナ「あら？言ってなかったかしら？かーさんとお父さんは昔ゾイド部隊のエリートだったのよ」

アル「えぇぇ！？そんなの一言も聞いてないよ。」

ミーナ「あら？そんなことよりいってらっしゃい、世界中を見て大きくなって帰ってくるのよ。」

アル「ああ、行って来る。ありがとう母さん」

アルはホバーカーゴでゲンマの書いた地図に乗っている島に向かった。
ヘリオス遺跡・・・第一次大戦の基地後で今はもう使われていない遺跡である、既に調査の手も入っており特に重要な資料などの発見はなかった。

アル「あ～あ、行けといわれたからきてみたけど・・・ガラクタばかりじゃないか。」

遺跡の中は大分あらされている、めぼしい物などほとんど盗掘にもってかれてしまったのだろう。」

アル「ここか・・・あれ？行き止まりじゃないか・・ん？ここから風が入ってるな、なんかで壊せないのかな？・・・よし！」

ホバーカーゴから高金属切断機を取り出し穴を開けていく、完全に穴が開くとそのおくには通路が続いていた。

アル「こんなところが・・・って言うか家の両親は何者なんだ？」

通路を進んでいくととても大きな広場に着いた、格納庫らしいその場所は荒らされた様子が一切ないが何もおかれていない状態だった。アルがその部屋に入った瞬間に全ての扉が閉じアルは格納庫に閉じ込められる。警報が鳴りアルの持っていた起動キーが光り始めると格納庫の地面が割れ始め一体のゾイドが現れた。

アル「なんだ！？一体何が起こっているんだ？！」

慌てるアルは近くにあった柱にしがみつき振動が収まるのをまった。振動が収まり現れた機体をアルは見上げていた。サイズは中型ゾイド大きさにしてシールドライガーと同等かそれより少し大きい感じであった。

アル「このゾイドは・・・」

起動キーがアルをコクピットに導く、アルはそれに従いゾイドに乗り込んだ。
コクピットにはゾイドの製作者らしき名前が書かれている「アーノルド・レイ・ミーナ」その名前を見た瞬間にアルは立ち上がろうとして天井に頭をぶつけた。

アル「いててててて！このゾイド作ったのって母さん！？まさかな・・・あは、あはははは・・・ん？ゾイドネーム『エナジーライガー』こいつがこのゾイドの名前か、よろしくなエナジー！」

グゴオォォォォ！
エナジーライガーはアルの呼びかけに答えるように何処までも響くような遠吠えをあげた。

こうして惑星Ｚｉを舞台に世界中を駆け回る少年と立った一体しか存在しないゾイド「エナジーライガー」の物語が始まった。